A instrução STOP RUN diz ao computador para terminar o programa.
Todos os programas devem incluir um a instrução STOP RUN ao final da execução.
Geralmente esta instrução é a última do módulo de finalização.

Com o COBOL 85, quando a instrução STOP RUN é executada, ela fechará qualquer arquivo que ainda estiver aberto.
Sendo assim, no COBOL 85, uma instrução CLOSE torna-se desnecessária.
Entretanto, recomendamos usá-la com a finalidade de favorecer a documentação e a depuração.

Existem instalações que utilizam a instrução GOBACK ao invés de STOP RUN, o efeito é o mesmo.